Jerne kirkegård består reelt af to kirkegårde, idet Strandby Kirkevej opdeler kirkegården i en nordlig, nyere del og en sydlig, ældre del, der ligger omkring Jerne Kirke. De to delområder, som begge har hovedindgang fra Strandby Kirkevej, er meget forskellige i deres udtryk, og er etableret i forskellige tidsperioder. Kirkegården byder på flere oplevelsesværdier, særligt med sine formklippede stammehække i den nordlige del, men også i detaljen, med unikke gravmonumenter, hvis historiske vingesus særligt formidles i den sydlige del.
Den sydlige del har kirken som sit centrale ankerpunkt. Den gamle del er nogle steder indrammet af en bred kampestensmur. Den sydlige del er inddelt i fire plæneflader med urnegrave og enkelte kistegrave. I kirkegårdens sydvestlige hjørne ligger en græsklædt gravhøj. Afdelingerne opdeles af fire adgangsstier, som næsten inddeler området i en korsform, der tidligere bestemte, hvor man blev begravet. Personer, der boede nordøst for kirkegården blev begravet i den nordøstlige del osv. Den nordlige del er lineær i sin struktur med gravsteder i lange lige rækker, adskilt af grusstier. Den overordnede struktur dannes af store stammehække af lind.